隨著生命科學研究的日新月異，生物科技相關產業及應用方向益趨多元，而生物醫學領域在生物科技的應用上無疑扮演舉足輕重的角色，國立中山大學於1999年設立生物醫學研究所碩士班，為給予生醫領域人才完整且紮實之教育及研究訓練，於2002年獲教育部核准後設立博士班。

多年來，生醫所在全體師生共同努力下已頗具規模。圖書方面除了學校圖書館提供的電子期刊外，館藏亦有早期相關領域紙本期刊；儀器方面，本所公用儀器中心多年來經學校補助暨全體老師努力下已趨完備，擁有細胞生物學、蛋白質體學及分子生物學相關儀器設備，除此之外，本所學生亦可使用生醫中心及中山大學國科會重儀器中心的儀器，研究資源足以滿足研究所需。

本所注重學生專業知識之成長，每年均舉辦大型研討會，邀請國內、外知名研究學者主講其研究成果，使學生能吸收新知。同時也積極辦理學生輔導事務，定期舉辦導生活動、師生座談、柴山健行與送舊活動。

此外本所亦規劃學生生涯發展，舉辦系列講座活動，包括畢業校友經驗分享、校外企業參訪、學生就業願景座談及校友聯誼會，讓本所學生了解自己性向、就業市場需求及變化，同時也加強各屆畢業生的互動，推動同儕間相互協助、良性競爭的效果，達成本所對生醫領域人才的完整教育。